Komisi B adalah komisi yang melaksanakan fungsi pengawasan (controlling) DPM. Pengawasan tersebut dilaksanakan terhadap program-program kerja (read: proker) BEM baik sebelum pelaksanaan, sedang, dan sesudah pelaksanaan. Berikut penjelasannya:
- Sebelum pelaksanaan proker, maksudnya adalah komisi B bersama komisi lain harus mengevaluasi dan menyetujui proker yang diajukan oleh BEM pada saat Musyawarah Kerja. Ketika telah disetuji dan disahkan, barulah proker tersebut dapat dilaksanakan.
- Sedang dilaksanakan, maksudnya adalah komisi B mengawasi bagaimana proker tersebut berjalan dan dijalankan. Untuk memudahkan fungsi ini, komisi B memiliki staff yang bertugas sebagai penanggung jawab pada tiap-tiap departemen BEM. BEM sendiri memiliki 9 departemen dalam struktural kerjanya yakni:
- Departemen Eksternal/Luar Negeri
- Departemen Internal/Dalam Negeri
- Departemen Kajian Strategis
- Departemen Kewirausahaan
- Departemen Keilmuan dan Pengembangan Farmasi
- Departemen Sosial dan Pengembangan Masyarakat
- Departemen Seni Budaya dan Luar Negeri
- Departemen Media dan Publikasi
- Departemen Keagamanaan
- Sesudah pelaksanaan, maksudnya DPM melakukan pengevaluasian terhadap proker-proker yang berjalan, menganalisis dimana kekurangannya agar dapat dijadikan pelajaran dan pertimbangan kedepannya harus seperti apa agar lebih baik lagi. Dan sebagai bahan bahasan untuk LPJ-an dan saat kongres.